Il Museo fu fondato nel 1760 da Filippo di Borbone per conservare i reperti rinvenuti nel municipium romano di Veleia, tra cui la famosa Tabula alimentaria in bronzo, e fu poi incrementato con l'acquisto di collezioni e con ritrovamenti locali; nel 1867 vi fu creata una delle prime raccolte preistoriche d'Italia.
È articolato in due sezioni. Quella che raccoglie le collezioni storiche comprende spettacolari materiali da Veleia, tra cui le 12 statue in marmo di personaggi della famiglia imperiale giulio-claudia (I metà del I sec. d.C.), notevoli ceramiche greche, italiche ed etrusche e la prestigiosa sezione egizia con sarcofagi, vasi canopi, papiri, bronzetti votivi e l'importante Collezione Magnarini (429 scarabei-sigillo datati dal 2100 al 525 a.C.).
Il ricco medagliere non è normalmente aperto al pubblico.
La sezione che conserva le testimonianze della provincia di Parma comprende materiali preistorici dal Paleolitico all'età del Bronzo (importanti i reperti neolitici, tra cui alcune sepolture, e quelli dalle "terramare" dell'età del Bronzo), protostorici (etruschi e liguri), romani (statue, frammenti architettonici, mosaici, epigrafi funerarie da Parma e dal territorio e un tesoretto di gioielli e monete del III secolo) e longobardi (gioielli provenienti da alcune tombe).