Il museo si trova nel centro storico di Nocera Umbra, in piazza Caprera, la medievale piazza del Comune, all’interno di San Francesco. Riaperto nel 2003, dopo interventi dovuti all’evento sismico del 1997, il museo è allestito all’interno dell’ex chiesa di San Francesco. Edificata a partire dal XIII secolo, fu successivamente ampliata e decorata da una serie di affreschi del Quattrocento e del primo Cinquecento, molti dei quali ascrivibili a Matteo da Gualdo(San Francesco riceve le stimmate, Madonna col Bambino, Annunciazione) e alla sua cerchia.La struttura conserva opere mobili di particolare rilievo come la Croce sagomata della seconda metà del XIII, proveniente dall’antica chiesa di San Francesco, il grande polittico di Niccolò di Liberatore detto l’Alunno eseguito nel 1483 per l’altare maggiore del duomo della città e l’Incontro tra Gioacchino e Anna alla Porta Aurea di Matteo da Gualdo. Dal Museo dell’Alto Medioevo di Roma sono stati concessi in deposito permanente due corredi longobardi (uno maschile e uno femminile), provenienti dalla necropoli rinvenuta alla fine del XIX secolo in località il Portone nei pressi di Nocera.