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Inaugurato nel 1990, il museo è stato promosso e realizzato dall'Amministrazione Provinciale di Ferrara in alcuni ambienti del Castello della Mesola, delizia estense voluta da Alfonso II su progetto di Marco Antonio Pasi alla metà del Cinquecento. Sorto con uno scopo essenzialmente didattico-culturale per la diffusione della conoscenza naturalistica e ambientale del delta del Po, il museo dedica alcune sale alla descrizione degli aspetti evolutivi geomorfologici, la flora e la fauna dell'ambiente delle valli d'acqua dolce e salmastra, nonché quelle del Boscone della Mesola. Un ampio plastico dell'area deltizia mostra in modo sintetico l'altimetria, mentre le salette degli acquari, degli audiovisivi ed il laboratorio con la biblioteca naturalistica, costituiscono efficaci sussidi didattici. Una sezione specifica è dedicata al Cervo della Mesola: un animale assolutamente peculiare nel corredo genetico, nell'aspetto fisico, nel comportamento. Presso la chiavica cinquecentesca di Torre dell'Abate, voluta da Alfonso II, sono visibili riproduzioni cartografiche storiche del territorio mesolano. Un interessante modello in scala della torre mostra il funzionamento delle porte vinciane nel regolare afflusso e deflusso delle acque.