Il Museo nasce nel 1823 ad opera del canonico Carmine Fontò che rese pubblici i suoi libri. A queste prime donazioni se ne aggiunsero altre da parte di conventi Domenicani e Francescani. Dopo alcuni anni il Museo venne affidato a Emanuele Barba (filosofo, medico, docente) che istituì un "Gabinetto zoologico". Oggi nel museo sono presenti collezioni di armi, abiti, fossili. E’ esposta inoltre la collezione del pittore gallipolino Giovanni Andrea Coppola. Il museo comprende, inoltre, reperti archeologici, sarcofagi e vasi messapici con iscrizioni, ritratti di personaggi illustri di Gallipoli e una raccolta numismatica .