Il museo nasce nel 1997 in seguito ad un primo allestimento di materiali della Sezione Autonoma del Genio Civile per il Po, istituita nel 1925 con compiti di manutenzione dei fondali e regolamentazione della navigazione. Attualmente, nella sede dell'Azienda Regionale per la Navigazione Interna si conservano una serie di natanti storici e numerosi attrezzi relativi ai vari reparti di lavorazione: pialle, sgorbie, scalpelli per la calafatazione, timoni, ancore, oblò ed altri strumenti di bordo delle draghe dismesse. Il reparto di forgiatura, tuttora integro, espone modelli lignei per la carpenteria dei grandi raccordi per le pompe di dragaggio, semilavorati, crogiuoli, lingotti e tenaglie. Il percorso museale che si sviluppa lungo cinque sale espositive documenta la storia della navigazione fluviale in Emilia-Romagna, della cantieristica, delle bonifiche e del governo delle acque. Nel piazzale si trova l'imponente pirodraga 'Secchia' varata a Venezia agli inizi degli anni Trenta.