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Le origini del Museo risalgono all'istituzione dell'insegnamento di Storia Naturale presso l'Università di Ferrara, nel 1862. Le collezioni, inaugurate dieci anni più tardi nell'ex convento delle Martiri di via Roversella, comprendevano inizialmente un nucleo mineralogico, ereditato dal preesistente Museo Civico, cui vennero ad aggiungersi numerosi materiali, zoologici, geo-paleontologici, mineralogici ed etnografici, donati da collezionisti ferraresi residenti all'estero, specialmente in Egitto e in Argentina. Figura importante per il museo è stato lo scultore e paleontologo Angelo Conti, al quale si deve la donazione di una consistente raccolta di invertebrati pleistocenici di Monte Mario.Dopo un prolungato periodo di abbandono, nel 1937 il museo è stato riaccorpato nella sede attuale, ricavata dall'architetto Carlo Savonuzzi in un'ala dell'ex ospedale di S. Anna. Nel dopoguerra, su iniziativa del direttore Mario Canella, le raccolte sono state ricostituite ed incrementate ed infine riordinate secondo un percorso espositivo in grado di assolvere anche a precise funzioni didattiche. Attualmente il museo, comprende una raccolta entomologica di circa centomila esemplari provenienti in prevalenza dagli ambienti umidi di pianura. Sono in incremento le collezioni malacologica, erpetologica e dei micromammiferi. Tra i pezzi più rilevanti dell'itinerario di visita, di recente ulteriormente aggiornato sulla base del precedente riordinamento, meritano segnalazione i calchi di plesiosauro e di tirannosauro; la foca monaca, l'orso polare, il formichiere gigante e, nella ricca collezione ornitologica, la coppia di condor delle Ande e gli esemplari di uccelli del paradiso. Completano il museo un Punto di Informazione e Documentazione e una Stazione di Ecologia del Territorio, attivi dal 1987, una Biblioteca specializzata, un Osservatorio sulle comunità animali di ambienti umidi. Dal 1997 un'apposita sezione museale tratta il tema dell'ambiente tramite reperti, modelli e ricostruzioni multimediali.