Fu fondato nel 1928 da padre Leonardo Montalti da Mercato Saraceno il quale, in seguito alla visita ai vari conventi delle province cappuccine di Bologna e della Romagna, raccolse il materiale più prezioso e più a rischio di dispersione al fine di preservarlo e di renderlo maggiormente fruibile. Ha sede in locali attigui all'elegante chiostro di Conti (1722) annesso alla chiesa di San Giuseppe. Vi si conservano circa cento dipinti e diversi arredi sacri provenienti da chiese e conventi di varie località emiliane e romagnole, tra i quali figurano opere di Pietro Lianori, Marco Zoppo, Innocenzo da Imola, Prospero Fontana, Calvaert, Cesi, Passerotti, Faccini, Scarsellino, Bononi, Cantarini, Franceschini, Crespi, Gandolfi, Calvi. Fra le opere moderne (sec. XX), lavori di Majani e Brindisi. Fra le sculture meritano segnalazione i gruppi plastici di Zaccaria Zacchi da Volterra (sec. XVI), Mazza, Piò, Rossetti.