Il museo si trova nel comune di Assisi nei pressi della basilica di Santa Maria degli Angeli, uno dei luoghi più importanti legati alla vicenda umana e spirituale di san Francesco. Il percorso espositivo si articola all’interno del seicentesco palazzo del Capitano del Perdono, ricostruito su modello e con gli stessi materiali del più antico palazzetto edificato per volere della famiglia fiorentina dei Medici, alla metà del XV secolo. Inaugurato nel 2006, raccoglie 50 opere dell’artista Pericle Fazzini (Grottammare 1913 - Roma 1987) in grado di dare compiutamente conto della sua attività artistica: dall’Autoritratto del 1931 al Ragazzo con gabbiani del 1940-1944, divenuto logo del museo, fino al Bozzetto per Cristo risorto realizzato negli anni ‘70 per la sala Nervi in Vaticano. Alla figura di san Francesco sono dedicati il San Francesco parla e accarezza il lupo, opera in legno del 1939, oltre che una serie di piccole sculture, progetti, disegni e incisioni. Tre sale al primo piano e il corridoio di collegamento ospitano la collezione permanente mentre, al piano superiore, un ambiente è adibito ad esposizioni temporanee.