Istituito nel 1965 e successivamente riallestito presso il Palazzo della Comunità, documenta la storia del territorio e della comunità in sette sezioni espositive: l'archeologia, l'arte e l'architettura, l'artigianato artistico, la scienza, la cultura materiale. Le numerose opere dell'artista Aldo Bergonzoni, dono alla Municipalità, sia dipinte e realizzate dal maestro, sia provenienti dalla sua collezione privata, sono esposte nella Pinacoteca a lui dedicata.L'archeologia è rappresentata da materiali dell'età del Bronzo, del Ferro, e del periodo romano, ma soprattutto di epoca medievale. Le ricostruzioni in plastico del castello di Galisano e del primo abitato di Villa Fontana mostrano le tecniche costruttive e le forme dell'insediamento peculiari di questo periodo storico. L'arte e l'architettura sono illustrate dalle due sezioni dedicate alla religiosità e all'urbanistica. Nel primo caso la collezione di ceramiche votive ed alcune pregevoli opere d'arte di carattere sacro attestano le forme di devozione religiosa radicate nella comunità. Il laboratorio del maestro liutaio Ansaldo Poggi, con una coppia di violini d'autore (Giuseppe Fiorini 1913 / Ansaldo Poggi 1939), documenta la tradizione dell'artigianato artistico e della musica a Medicina. La scienza nella comunità è rappresentata dagli arredi e suppellettili dell'ottocentesca Farmacia dell'Ospedale, dagli erbari provenienti dal Convento dei Padri Carmelitani e dalla documentazione sul veterinario Adelmo Mirri, nonché dalla grande macchina dell'orologio costruita per la Torre Civica di Medicina da Vincenzo Burzi nel 1824. Sono inoltre esposti alcuni oggetti della cultura materiale tra cui un telaio del secolo scorso e gli utensili di Silvio Marabini (Medicina 1896-1984), costruttore di filarini. Vi si conserva, infine, una raccolta di burattini donata al Museo Civico dalla Direzione Didattica a cui era stata venduta negli anni Cinquanta da un burattinaio attivo nella zona, ma non identificato (forse Agostino Galliano Serra): comprende 150 pezzi, fra cui 23 burattini, la maggior parte dei quali attribuibile ai burattinai Filippo ed Emilio Frabboni con costumi probabilmente realizzati dalla sorella Augusta, numerosi abiti di ricambio, 26 scenografie e numerosi pezzi di attrezzeria e accessori di scena.