Dedicato alla figura del santo irlandese Colombano, cui si deve una vasta opera di evangelizzazione dell'Europa, e alle vestigia del monastero da lui fondato, anche nei suoi stretti rapporti con la città di Bobbio, il museo occupa alcune delle sale cinquecentesche prospicienti il chiostro, originariamente destinate allo Scriptorium e alle arti liberali. Vi trovano posto numerose testimonianze storiche, artistiche, archeologiche comprese fra l'età romana, e quindi collegabili alle più antiche vicende insediative del territorio circostante, e il XVI secolo, che ripercorrono la storia del vasto complesso benedettino con i suoi diversi corpi di fabbrica e l'annesso edificio basilicale.Fra i reperti archeologici annoverati nella raccolta del museo e provenienti dai dintorni e dall'area stessa della basilica (cripta), si segnalano in particolare una sepoltura risalente al IV sec. d.C. e, per il suo valore di documento storico, la lapide donata da re Liutprando a Cumiano, che fu abate dal 653 al 661. Vicende e trasformazioni nel tempo dell'edificio basilicale sono attestate da vari reperti lapidei, architettonici e scultorei. La documentazione è completata da arredi sacri e dipinti di Luini, Lanzani e Campi. Di particolare pregio sono le oreficerie e la serie degli arredi sacri, primo fra tutti la preziosa teca eburnea (Teca di Orfeo), databile tra il II e il V d.C., restaurata nel 2002 grazie ai finanziamenti dell'Istituto Beni Culturali della Regione Emilia-Romagna.