La Pinacoteca è costituita dalle centoquaranta opere che il collezionista parmigiano Giuseppe Stuard (1790-1834) ha donato per lascito testamentario alla Congregazione di Carità di San Filippo Neri, proprietaria di una raccolta di dipinti e arredi connessi all'iconografia del Santo. Dal 1834, all'atto della donazione, i due nuclei sono stati accorpati nella sede attuale. Incrementato da progressive acquisizioni e donazioni, il percorso museale si sviluppa lungo ventidue sale in cui sono conservate opere artistiche e pittoriche appartenenti ad un periodo storico compreso tra il XV e il XX secolo. Si trovano dipinti, cimeli, arazzi e testimonianze che documentano la storia della città di Parma e della famiglia Stuard, assieme a reperti archeologici medievali rinvenuti durante i lavori di restauro dell'edificio.La collezione comprende oltre trecento opere pittoriche e grafiche, un considerevole numero di arredi dal Sei all'Ottocento e alcuni oggetti d'arte e artigianato. La scuola toscana dal Tre al Quattrocento è rappresentata da opere di Paolo di Giovanni Fei e Giovanni d'Ambrogio; interessanti le tavole di Nicolò di Tommaso, del Maestro della Misericordia e di Bicci di Lorenzo. Una tavoletta raffigurante Cristo portacroce è attribuita all'ambito di Paolo Uccello. Tra le opere di maggior interesse si segnala un disegno a penna raffigurante un levriero, forse eseguito dal Parmigianino per Fontanellato. Altri dipinti, di Lavinia Fontana, Orazio Samacchini, Sisto Badalocchio, Giovanni Lanfranco, Guido Reni, Guercino, Giuseppe Baldrighi e Pietro Melchiorre Ferrari illustrano la tradizione pittorica emiliana, mentre una serie di tele di Jacopo Palma il Giovane, Sebastiano Ricci e Francesco Fontebasso rappresentano l'ambito veneto. Tra gli stranieri figurano Brueghel, Zurbaran, Zoffany. Successive all'istituzione del museo le acquisizioni di due nature morte del Grechetto, un paesaggio di Bellotto, Ecce Homo di Guercino, la Vergine dello Schedoni nonchè la sezione ottocentesca con quadri di Carmignani, Pasini, Affanni, Baratta, Ximenes e De Stroebel.