Il museo, allestito all'interno della Torre dei Bolognesi, racconta la storia della Comunità nonantolana e del suo territorio sulla base di tre fili conduttori: la trasformazione del territorio, l’evoluzione del borgo e lo sviluppo della comunità di Nonantola. Il percorso espositivo, sviluppato su quattro piani, illustra attraverso documenti, fotografie e reperti archeologici, le fasi salienti della storia locale con un andamento a ritroso, che partendo dalla contemporaneità della città di oggi accompagna il visitatore fino all'antichità dei primi insediamenti. Di particolare interesse la visita al Belvedere, il punto più alto della Torre.Il museo documenta, al primo piano, le trasformazioni della città sulla base degli sviluppi socio economici e dei grandi eventi storici del ‘900; al secondo, l'evoluzione della campagna e del territorio dal primo novecento fino al XVII secolo; al terzo piano i 700 anni di storia dall’avvento Napoleonico fino alla nascita del Monastero di San Silvestro. Il quarto piano, infine, offre un excursus sulle età più antiche di Nonantola, con reperti dell'età del Bronzo medio, tardo-villanoviani ed etruschi, ma soprattutto d'età romana. Si segnala, di eccezionale interesse, la lamina aurea proveniente dall'insediamento terramaricolo di Redù.