Il museo si trova nella cripta della chiesa di Santo Stefano, al centro di Ferentillo. La chiesa venne eretta nel XV secolo sopra un altro edificio religioso poi divenutane la cripta. La facciata, molto semplice, è caratterizzata, al centro, da un rosone decorato da piccole sculture sotto al quale si trova il portale d’ingresso, in pietra bianca, inserito tra due colonne che alla base recano gli stemmi di Lorenzo Cybo e del Capitolo Lateranense. L’interno è a tre navate, nell’abside, circolare, in stile barocco, si aprono due piccole logge con balaustre in legno di gusto rococò. Al centro una grande tela raffigura il Martirio di Santo Stefano, opera di Giuseppe Rosi, 1759. Da menzionare anche l’affresco di Pierino Cesarei, datato 1595, raffigurante il Presepe e lo splendido fonte battesimale. Nel presbiterio, sul pilastro destro, è incastonato un tabernacolo per la conservazione degli oli sacri che risale al XVI secolo. Nella cripta romanica della chiesa sono conservate alcune mummie, scoperte nel 1805 quando un editto napoleonico ordinò l'esumazione delle salme dall'interno delle chiese. Sono una ventina i corpi mummificati visibili all’interno di teche: il più antico risale a circa quattro secoli fa, il più recente è del XIX secolo. La conservazione dei corpi è dovuta a particolari microrganismi presenti nella terra e ad una ventilazione costante.