Il museo è ordinato all’interno del seminario, attiguo al santuario della Madonna di San Marco, e comprende la Pinacoteca Parmigiani, una raccolta di scienze naturali intitolata a mons. Silvio Ferrari, l’Opera Omnia “Romeo Musa” e una raccolta archeologica. Vi hanno inoltre sede una ricca biblioteca, il Centro Studi “Cardinal Casaroli”, il Centro di Documentazione sull'Emigrazione, il Centro di Documentazione sulla Devozione Popolare e un planetario. Il seminario di Bedonia fu istituito e aperto nel 1846 come luogo di formazione; cessata tale funzione, nel 1981 la struttura è stata adibita a finalità conservative e di valorizzazione, in particolare sul piano didattico, del ricco e composito patrimonio culturale quivi conservato.La quadreria del Seminario è costituita da importanti dipinti sei settecenteschi di scuola bolognese ed emiliana pervenuti attraverso le donazioni Sidoli, del 1935, e di don Parmigiani, nel 1946, cui si aggiunse un nucleo di 27 opere acquistate nel 1946. Tra i dipinti più rilevanti della collezione si annoverano opere di Ludovico Carracci, Bartolomeo Passerotti, Gaspare Venturini Mastelletta, Luigi Crespi, Filippo Pedrini. Nell'edificio è allestita inoltre l'Opera Omnia "Romeo Musa", che raccoglie in tre stanze e nel corridoio antistante il corpus donato dagli eredi dell'artista, che fu pittore, xilografo, poeta e scrittore; interessanti i materiali che documentano l'esecuzione di una xilografia, le incisioni per l'illustrazione de "I Promessi Sposi", i bozzetti. Una biblioteca offre al pubblico la consultazione di oltre 25.000 volumi, fra i quali 6.600 esemplari di epoca compresa dal Cinquecento al 1820. Una sezione è dedicata alla storia ecclesiastica. Le raccolte naturalistiche sono costituite da reperti zoologici, botanici e mineralogico-petrografici, raccolti da seminaristi o donati da ex alunni a partire dagli anni 1915-1950 per iniziativa di monsignor Silvio Ferrari (1892-1968), insegnante di scienze. La raccolta zoologica comprende uccelli locali ed esotici, mammiferi, rettili, pesci, qualche anfibio, esemplari entomologici e malacologici. La botanica locale è rappresentata da una raccolta di alcune piante officinali, legni di quasi cento specie, con qualche esempio di lavorazione e di utilizzo, e dieci erbari. Tra i campioni di minerali e di rocce si trovano cristalli di zolfo delle miniere siciliane ed esemplari di solfuri da Belgio ed Inghilterra. I materiali sono presentati in un percorso che comprende anche ricostruzioni d'ambiente sistemate in nicchie murarie. Vengono inoltre esposti alcuni reperti archeologici e materiali d'interesse etnografico e storico-scientifico.