Allestito nella sala dell'antica Confraternita del Santissimo Sacramento, adiacente alla chiesa di S. Giuseppe, il museo documenta la storia e l'arte di Paciano dal periodo etrusco fino al XVII secolo. Conserva opere di Francesco Nicolò (1452), frammenti di affreschi del Trecento, un angelo in legno del XV secolo, un dipinto su cuoio e un bronzo di scuola inglese, tele del XVIII secolo provenienti dal vecchio convento dei frati di Paciano Vecchio, un altare in legno e oro del 1572 e preziosi reliquiari in argento e oro. Al patrimonio di matrice religiosa si affiancano inoltre reperti etruschi del IV secolo a.C., tra cui vasi in ceramica, bronzo e bucchero, lucerne e altri materiali rinvenuti in località I Pini.