Le Gallerie, che hanno sede all'interno di Palazzo Massari, comprendono le civiche raccolte dell'Ottocento, il Museo Giovanni Boldini e il Museo intitolato a Filippo de Pisis (1896-1956). Quest'ultimo, allestito al piano terreno, fu istituito in occasione del centenario della nascita del pittore ferrarese e in seguito all'acquisizione di un eccezionale nucleo di opere depisisiane proveniente dalla collezione appartenuta a Manlio Malabotta e donata al Comune di Ferrara da sua moglie Franca Fenga. Si tratta di ben ventiquattro dipinti ad olio - tra i quali 'Pesci marci' (1928), il celebre 'Gladiolo fulminato' (1930), il 'Ritratto di Allegro' (1940) e la 'Rosa nella bottiglia' (1950) - settanta disegni, cinque acquerelli e quindici incisioni. Il nucleo, giunto ad incrementare il fondo de Pisis già esistente, è esposto in un'apposita sezione del museo.Il museo è fruibile al pubblico dal 1998, nell’attuale allestimento articolato per sale monografiche dedicate ad artisti ferraresi; e con la presenza di pochi, ma significativi pezzi di Carlo Carrà e Mario Sironi. Le sale documentano la creatività artistica locale della prima metà del secolo scorso, periodo in cui Ferrara fu il vivaio d’interessanti ed incisive personalità e correnti artistiche, come l’espressionismo modernista, la Metafisica e Novecento. Vi solo stanze dedicate ad Aroldo Bonzagni, Achille Funi, Arrigo Minerbi, Giuseppe Virgili, Enzo Nenci, Annibale Zucchini, Mimì Quilici Buzzacchi, Aldo Bandinelli, Roberto Melli, Mario Pozzati e Filippo de Pisis. La collezione relativa a quest’ultimo si divide in due importanti nuclei, che documentano antologicamente il percorso del pittore: il primo acquistato dalla Fondazione Giuseppe Pianori e dalla Cassa di Risparmio di Ferrara, il secondo, la collezione Manlio e Franca Calabotta, avuto in dono alla città dalla vedova del notaio triestino. La poetica di de Pisis si esplica chiaramente nelle sale con opere che trattano i temi da lui prediletti, le nature morte, e vanno dai suoi esordi di natura metafisico crepuscolare alle influenze postimpressioniste francesi, che porteranno il suo stile a declinare contenuti esistenziali con segni sempre più abbreviati e rarefatti; la collezione Malabotta ha lasciato al museo anche una varia selezione di disegni, acquerelli, pastelli e litografie dell’artista. Nel 2004 l’Amministrazione comunale di Ferrara ha presentato al MusArc l’obiettivo Polo d’arte moderna e contemporanea, progettato da Massimo e Gabriella Caramassi, che prevede la ridistribuzione logistica degli istituti artistici compresi tra Palazzo dei Diamanti, Palazzo Bevilacqua Massari e Palazzina dei Cavalieri di Malta con l’accorpamento, nel sistema museale integrato, di Palazzo Prosperi Sacrati quale futura sede del Museo d’Arte Moderna e Contemporanea “Filippo de Pisis”. Il progetto di suddivisione degli spazi prevede l’annessione al Polo del Museo dell’Illustrazione al fine di sottrarlo all’isolamento dell’ubicazione di via Frescobaldi e permettere così un maggior numero di visitatori; inoltre, al pian terreno è in fieri l’integrazione del Museo Michelangelo Antonioni ed il Museo del Risorgimento e della Resistenza; infine la Sala Polivalente che, nel periodo dei restauri fungeva da deposito temporaneo di opere d’arte, oggi è tornata a svolgere l’attività di spazio culturale polivalente a beneficio di iniziative dell’Amministrazione Comunale e di Gallerie private. La collezione di scultura del museo è esposta prevalentemente nelle sale interne, ma alcune opere di Rita da Re, Maurizio Bonora, Man Ray, Carmelo Capello, Aldo Calò, Filippo Tallone, Augusto Murer, Emilio Greco, Marcello Mascherini e Laura Rivalta, sono ubicate anche nel cortile di Palazzo Massari. All'interno delle sezioni del Museo Boldini e del Museo d'Arte Moderna e Contemporanea vi sono lavori di scultori d'area ferrarese come Roberto Melli, Arrigo Minerbi, Giuseppe Virgili, Annibale Zucchini; ed inoltre opere di Enzo Nenci, Egidio Casarotti e Laerte Milani. Il Museo Boldini in occasione della rassegna "Art Fall. Ferrara contemporanea" ha ospitato proiezioni di video come "Pletora. Il dono" (2008), installazioni come "Manifesto (2009) e performances come "Kin Knight King" (2010).