Inaugurato nel 1929 nel salone soprastante l'atrio della cattedrale, il Museo è rimasto nella sua sede storica fino al 2000, per essere poi trasferito nei locali dell'attigua ex chiesa e convento di San Romano. Qui si conservano tesori quali le antiche ante d’organo raffiguranti L’Annunciazione e San Giorgio che uccide il drago (1469) di Cosmè Tura, capofila della scuola pittorica ferrarese. Fra le opere scultoree sono da segnalare le dodici formelle duecentesche in marmo provenienti dalla Porta dei Mesi, accesso laterale alla Cattedrale distrutto nel ‘700. Dalla stessa porta deriva lo splendido capitello con Le storie di San Giovanni Battista. Nell’abside si ammira la Madonna della melagrana (1406) di Jacopo della Quercia. Al centro sono esposti otto magnifici arazzi con La vita e il martirio dei SS. Giorgio e Maurelio, i due patroni di Ferrara, tessuti tra il 1551 e il '53, dalle manifatture ducali estensi, dirette dal fiammingo Johannes Karcher, su cartoni del Garofalo, e di Camillo Filippi. Una ricca collezione di antifonari miniati, reliquiari, dipinti e altre opere completa il percorso museale.