Il museo è ubicato all'interno dell'ex Consorzio Tabacchicoltori, nei pressi dello scalo ferroviario di San Giustino. Il magazzino, ora sede del museo, venne fatto costruire alla fine del XIX secolo dal comune di San Giustino. La struttura è stata ampliata negli anni successivi e rimane funzionante fino al 1992, quando la lavorazione del tabacco venne trasferita all'interno di nuovi capannoni nella zona industriale. Il museo, unico nel suo genere, e la struttura che lo ospita sono di notevole interesse storico poichè documentano le fasi della coltivazione e della lavorazione del tabacco e l'importanza che esso ha avuto nell'economia del territorio. Primo in Italia interamente dedicato al tabacco, il museo è nato per volontà di una Fondazione costituita nel 1997 da tutti i soggetti della filiera, dai coltivatori ai tabaccai. Il museo esamina la legislazione in materia e ricostruisce e diverse fasi di lavorazione, distinguendo tra quella agricola (la coltivazione), quella premanifatturiera (la selezione e il trattamento delle foglie) e quella manifatturiera (la realizzazione dei vari prodotti: dal tabacco da fiuto, al sigaro, alle sigarette). La Fondazione vede il coinvolgimento anche dei comuni dell'Alta Valle del Tevere, dove la lavorazione del tabacco è stato importata in Italia per la prima volta alla fine del XVI secolo, all'interno del territorio compreso nell'ex Repubblica di Cospaia (1441-1826).