La Villa prende il nome da una piccola cappella del X secolo, che sorgeva in epoca medievale alla fine della "Scala Fenicia", nel territorio di Anacapri. Nel 1895 il medico svedese Axel Munthe si innamorò delle rovine dell'antica cappella dedicata a San Michele, mentre eseguiva i lavori di restauro rinvenne, nel vigneto adiacente, i resti di un'antica villa romana, dai questi attinse per adornare la sua nuova villa. I numerosi reperti archeologici sono tuttora visibili. Nel giardino c'è poi una tomba greca, con una sfinge in granito che domina dal belvedere tutta l'isola di Capri.