Nel 1488 fu inaugurato il cantiere del primitivo santuario, costituito da una parte degli interni della chiesa e, soprattutto, dalla maestosa facciata in marmo cesellato, la cui esecuzione è da attribuire alla bottega dei Sanmicheli. Le parti interne, con caratteri decorativi elaborati e raffinati, vengono realizzati da Gasparo Cairano e bottega. Lo stesso scultore realizza il ciclo di Apostoli per la prima cupola, interposto al ciclo di Angeli del Tamagnino, entrambi consegnati nel 1489. Nel corso dei secoli il santuario si arricchisce di opere, tra cui una tela del Moretto e il ciclo di tele con le Storie di Gesù per il presbiterio, dipinto da una serie di autori bresciani tra cui Tommaso Bona e Pier Maria Bagnadore.