Il Museo, ospitato nell'ex Sala del Consiglio della Misericordia Maggiore di Bergamo, fu inaugurato nel 1906, frutto di due importanti donazioni: la preziosa raccolta di cimeli donizettiani della baronessa Giovanna Ginevra Rota Basoni Scotti, e gli arredi della stanza in cui il compositore bergamasco morì. Questo primo nucleo si arricchì, in seguito, della raccolta di cimeli e documenti di proprietà comunale e del prezioso archivio di Guido Zavadini. Il Museo occupa due sale del palazzo e si articola secondo un criterio cronologico (dalla nascita alla morte di Gaetano Donizzetti, 1797-1848).