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Il museo raccoglie una ricca documentazione relativa allo sviluppo storico e alle dinamiche di popolamento della città e del territorio modenese dalla preistoria al medioevo. La nascita del museo, nel 1871, si ricollega in modo diretto all'intenso dibattito culturale e politico sul tema delle ricerche preistoriche e dell'istituzione dei musei civici come luoghi deputati alla conservazione dell'identità cittadina nello scenario di profondo cambiamento degli anni immediatamente post unitari. Anche la sezione etnologica, con i suoi reperti di provenienza extraeuropea, si riallaccia strettamente alla genesi del museo e all'affermarsi delle teorie antropologiche comparative, che ampio contributo hanno dato alla nascente disciplina della paletnologia. Strettamente collegato è il Lapidario Romano, ubicato nel cortile ovest del Palazzo dei Musei, che con i suoi monumenti, per lo più provenienti dalle grandi necropoli urbane estese lungo le principali direttrici stradali, consente di ampliare il patrimonio di conoscenze sul tessuto demografico e sociale della città romana.Il primo nucleo delle raccolte museali si deve alle ricerche condotte nella seconda metà dell'Ottocento da Giovanni Canestrini, Carlo Boni, Francesco Coppi e Arsenio Crespellani sui resti delle terramare, abitati protetti da argine e fossato diffusi nella Pianura padana centrale durante l'età del Bronzo media e recente. A queste si sono aggiunti successivamente i numerosi materiali recuperati dall'archeologo modenese Ferdinando Malavolti, specialmente sul pianoro del Pescale e alle Fornaci Carani, e le importanti testimonianze degli scavi recenti in città e nel territorio. Il percorso espositivo, ripresentato nel 1990 nel rispetto dell'originale sistemazione ottocentesca, descrive un tracciato cronologico che permette di seguire il percorso storico della città e del territorio: dai manufatti in pietra del Paleolitico alle prime ceramiche del Neolitico rinvenute a Fiorano, dai raffinati reperti in bronzo delle terramare (Gorzano, Montale, Gaggio) ai corredi delle tombe villanoviane disseminate in varie parti del territorio (Savignano, Bazzano, Castelfranco, Nonantola), dalla necropoli etrusca della Galassina alle preziose suppellettili delle 'domus' di 'Mutina' romana e ai corredi delle tombe longobarde. La sezione etnologica è costituita da materiali di diverse aree geografiche che in molti casi testimoniano culture ormai scomparse o in via di estinzione. La sistemazione attuale delle raccolte rispetta l'originaria suddivisione ottocentesca per aree geografiche: Nuova Guinea, America del Sud, Africa, Asia e Perù Precolombiano, rievocando la stagione delle grandi spedizioni esplorative e le figure di studiosi e ricercatori che hanno dato il loro contributo alla conoscenza di nuove terre e altre culture. Il Lapidario Romano, allestito al piano terra del Palazzo dei Musei, espone materiali provenienti dalle aree esterne al perimetro della città romana occupate in età imperiale da necropoli monumentali. Particolarmente rilevanti sono i sepolcri rinvenuti lungo la via Emilia a est della città, come l'ara funeraria del centurione Clodio, l'ara di Vetilia Egloge e il monumento a forma di prua di nave appartenuto probabilmente ad un alto ufficiale della flotta augustea.