Istituito nel 1999 da Comune, Provincia, Comunità Ebraica e dall'Istituto per i Beni Culturali, con lo scopo di conservare e valorizzare il patrimonio culturale ebraico a Bologna e in Emilia-Romagna, il museo ha sede in Palazzo Pannolini, storico edificio posto all'interno dell'ex ghetto. L'itinerario di visita è suddiviso in tre spazi: al piano terra si trovano la sezione espositiva permanente, e quella destinata ad attività temporanee; al primo piano è allestito il centro di documentazione del museo. L'assetto espositivo, corredato da strumenti multimediali e apparati illustrativi e didattici, affronta il tema dell'identità ebraica, spiegata per punti essenziali attraverso la storia e la cultura della comunità bolognese, i rapporti con l'università, le relazioni commerciali e con il credito convenzionale, gli usi, i costumi, le feste, i riti. Due sale sono dedicate alla permanenza degli ebrei a Bologna e nelle altre città emiliane e romagnole. Nel centro di documentazione sono consultabili le fonti bibliografiche e le "banche dati" collegate al museo e ai vari istituti della rete telematica. Fra le molteplici iniziative culturali del museo, si segnalano i corsi di lingua ebraica, antica e moderna.