All'interno del Santuario di S. Maria della Vita, gli ambienti che un tempo appartenevano all'antico Ospedale (1260-1798) ospitano la collezione di oggetti di devozione legati alla storia della Confraternita dei Battuti di S. Maria della Vita, fondatori del complesso e della prima struttura assistenziale della città, nonché nucleo originario dell'attuale Ospedale Maggiore. Il museo si propone di ripercorrere la storia della sanità e dell'assistenza nella città di Bologna. A questo scopo sono raccolti, assieme a dipinti, paramenti e arredi sacri di proprietà della Confraternita, materiali scientifici provenienti dall'antica Farmacia dell'Ospedale della Vita, come gli albarelli e gli strumenti sanitari; da segnalare anche una bilancia settecentesca.Il museo è stato inaugurato nel 1999 al termine dell'impegnativa opera di restauro che ha interessato il complesso di Santa Maria della Vita, uno dei più importanti monumenti del Barocco bolognese. Allestito come una grande sacrestia barocca, occupa degli ambienti che ospitarono l'antico Ospedale dei Battuti o della Vita. Gli spazi espositivi si concentrano prevalentemente in due sale: nella prima si dispiega la quadreria, in cui spiccano le due opere di Gaetano Gandolfi, gli arredi liturgici e i paramenti sei-settecenteschi legati alla storia del Santuario, il famoso ritratto di Luigi XIV, Re di Francia, in miniatura realizzata da Jean Petitot (1607-1691). La seconda sala contiene 150 vasi da farmacia (non tutti esposti) provenienti dalla vecchia Farmacia dell'Ospedale della Vita. Contigua al complesso è la chiesa omonima, un edificio a pianta ellittica progettato da Bergonzoni (1692), con cupola in rame disegnata da Antonio Bibiena, al cui interno è sistemato il Compianto del Cristo morto di Nicolò dell'Arca (realizzato nel 1463) composto da sette statue in terracotta. Sempre a seguito dei lavori di restauro, è stato inoltre, aperto al pubblico l'Oratorio dei Battuti, con unico accesso dal museo del quale è parte integrante. La sua origine risale al XV secolo, ma la forma attuale, a pianta rettangolare, è dell'inizio del XVII secolo. Fra le opere che decorano le pareti e il soffitto sono la pala d'altare del Nosadella (1500-1571); quattro statue in stucco dei santi protettori della città, due delle quali eseguite da Alessandro Algardi (1598-1654); i quadri con episodi della fondazione e della vita dell'ospedale, fra cui quelli di Cavedoni (1577-1662), Menghino del Brizio, Calvaert; Il Transito della Vergine (1519-1522) di Alfonso Lombardi.