Il 7 giugno 1981 l’arcivescovo di Bari mons. Mariano Magrassi erigeva il Museo Diocesano di Bari. L’intento si ispirava ai dettami del Concilio Ecumenico Vaticano II, affinché si evitasse che “la sacra suppellettile e le opere preziose che sono ornamento della casa di Dio, vengano alienate o disperse”. Inizialmente, ebbe la funzione di deposito per le opere d’arte ed arredi sacri delle chiese in stato d’abbandono della città antica di Bari e dell’intera diocesi. Il Museo fu ufficialmente inaugurato il 16 giugno del 1983. Il 12 settembre 1996 si realizzò il primo allestimento della sala del Tesoro, della sala dell’Exultet I e della pinacoteca. L’11 settembre 1998 si inaugurò il secondo lotto, consistente nella realizzazione del lapidario, della sala del Benedizionale ed Exultet II e III e della sala dei paramenti sacri. Con lo spostamento degli uffici di Curia da parte dell’arcivescovo Francesco Cacucci anche la restante superficie del primo piano è stata destinata a museo.