La Basilica di Santa Croce in Gerusalemme è una delle "Sette Chiese" di Roma (mete di pellegrinaggio durante il Giubileo). La Chiesa si trova sulle Mura Aureliane e fu ricavata dal Palazzo Sessoriano, che risaliva al III secolo e che era stato la dimora degli ultimi imperatori. Durante il Rinascimento e il Barocco furono apportate modifiche che distrussero completamente l'aspetto originario della Chiesa. Attualmente, parte degli affreschi del vecchio edificio sono custoditi nel Museo. Annesso al convento, nel 1476, fu ricostruito l'Oratorio di Santa Maria del Buonaiuto. La Chiesa contiene alcune reliquie tradizionalmente collegate alla crocefissione di Gesù, conservate nel "Santuario della Croce", ricavato nell'antica sacrestia della Basilica. All'interno si trova la Cappella di Sant'Elena, il cui pavimento doveva essere coperto con terriccio proveniente dalla Terra Santa (da cui il nome "In Gerusalemme"). Del 1485 è il mosaico di Melozzo da Forlì che decora la Cappella, raffigurante Gesù benedicente attorniato dagli Evangelisti. Gli affreschi del catino absidale, oltre che allo stesso Melozzo, vengono attribuiti ad Antoniazzo Romano e Marco Palmezzano. Va ricordata anche la presenza del monumento sepolcrale di Francisco Quinones, opera di Jacopo Sansovino (1536). Nell'urna di basalto dell'altare maggiore viene conservato il corpo dei Santi martiri Cesario e Anastasio. La ristrutturazione settecentesca portò a un totale rinnovamento dell'interno, che fu decorato nella volta da tre grandi tele di Corrado Giaquinto (1743). Un altro tesoro è l'icona musiva del XIV secolo, conservata nel Museo. Nell'area dell'anfiteatro Castrense, pertinenza della Basilica e del suo convento, è stato ricreato nel 2004 l'orto-giardino del monastero, su progetto dell'architetto Paolo Pejrone, accessibile a visite guidate di carattere naturalistico e archeologico.