La basilica di S. Maria degli Angeli viene costruita tra il 1569 e 1679, la sua struttura ingloba le strutture del convento francescano edificate a ridosso della Porziuncola. Pio V a conclusione del Concilio di Trento, volle la costruzione della basilica, sia per riconoscere l’importanza dell’ordine minorita dei francescani sia per accogliere i pellegrini che tuttora vi affluiscono in occasione dell’Indulgenza del Perdono (31 luglio-2 agosto) voluta dallo stesso S. Francesco. La chiesa compiuta nel 1679 con la costruzione del campanile della parte destra, è a tre navate e fu progettata da Galeazzo Alessi; all’esecuzione della chiesa parteciparono Giacomo Martelli, Giacomo Giorgetti e forse anche il Vignola. A causi dei crolli del terremoto del 1832, la basilica fu in parte ricostruita da Luigi Poletti (1836-40) nelle stesse forme. La facciata venne alzata nel 1925-30.Nello stesso 1930 viene posta al vertice della facciata la statua della "Madonna degli Angeli" realizzata dallo scultore Colasanti, mentre per l'attuale sistemazione del piazzale antistante, si deve attendere il progetto dell'architetto Nicolosi del 1950. L’interno è a tre navate e presenta delle cappelle laterali le cui decorazioni parietali rappresentano la più organica raccolta della pittura umbra del tardo Cinquecento e del primo Seicento. Di notevole interesse artistico ma soprattutto religioso legate alla vita del Santo sono la Cappella della Porziuncola e la Cappella del Transito. La cappella della Porziuncola risalente al X-XI sec. è dedicata a S. Maria degli Angeli o a S. Maria della Porziuncola. Intorno al 1025, S. Francesco vi stabilì la sua dimora restaurandola e fondandovi l’Ordine francescano (1208). La parte superiore della facciata è decorata da un affresco di Friedrich Overbeck da Lubecca (1829) che raffigura “S. Francesco implora da Gesù e Maria la concessione dell’Indulgenza del Perdono”. Sul lato destro sono visibili frammenti di affreschi di influsso senese risalenti al Quattrocento. All’altare, grande pala di Ilario da Viterbo raffigurante” l’Annunciazione e Storie del Perdono”. La Cappella del Transito: è la cella dell’infermeria dove S. Francesco morì il 3 ottobre 1226. All’esterno affreschi di Domenico Bruschi (1886), Morte e funerali del Santo Francescano. Nell’interno affreschi dello Spagna. All’interno della cappella si trova la nicchia contenente la statua di S. Francesco, in terracotta smaltata di Andrea della Robbia. Dalla sagrestia si accede al corridoio che porta al Roseto legato ad una leggenda sulla vita di S. Francesco, piccolo giardino piantato esclusivamente a rosai senza spine. Adiacente al Roseto è la cappella del Roseto (1518) composta da tre ambienti decorata da affreschi di Tiberio d’Assisi, autore anche degli affreschi parietali dell’Oratorio di S. Bonaventura (1506). Lungo il tragitto d’uscita è visibile a sinistra, il chiostro quattrocentesco e ciò che resta del conventino dell’epoca di S. Bernardino di Siena (sec. XV).