Il museo si trova ad Assisi presso il complesso abbaziale benedettino di San Pietro, compreso all’interno del centro storico dalle mura trecentesche. Vicino si apre la porta omonima. Dal verde piazzale terrazzato è possibile ammirare un suggestivo panorama sulla Valle Umbra. La chiesa di S. Pietro rappresenta un alto esempio di architettura romanica umbra. Il museo è collocato dal 2002 nei locali delle antiche cantine dell’abbazia benedettina di San Pietro, fondata nel X secolo su terreno allora extraurbano e dal XIV sec. ricompresa all’interno delle mura cittadine. Afferiscono al percorso di visita la cripta di san Vittorino, vescovo di Assisi nel III secolo d.C., il sacello delle reliquie, il sarcofago, la porta urbica delle mura romane, il pozzo dei martiri compagni di San Vittorino e il duecentesco passaggio sotterraneo che collegava l’abbazia all’ospedale dei Poveri costruito nel 1250. Tra le opere, la Madonna in trono col Bambino e i Santi Vittorino e Pietro, trittico quattrocentesco di Matteo da Gualdo, e la collezione ispirata al tema San Francesco e il presepe nell’arte contemporanea, con opere, tra gli altri, di Dalì, Sassu, Balla, Funi e Fazzini.