Il museo è allestito nella sede dell'Ente Parco, situato presso le “casermette” in località Colfiorito, piccolo centro di montagna in comune di Foligno. Inaugurato nel 2006, si configura come luogo espositivo e di osservazione delle principali specie floristiche e faunistiche presenti nel Parco. Completa l'itinerario la visita al Museo Archeologico Colfiorito (MAC) dedicata principalmente alla popolazione stanziata in età protostorica nell'Altopiano di Colfiorito. Il Museo è organizzato in sette sezioni: la prima, archeologica, ripercorre la storia del territorio dall’età del Ferro all’epoca medievale; le altre sono incentrate sulle scienze naturali. La sezione paleontologica espone una collezione di fossili pleistocenici, tra cui un ippopotamo (Hippopotamus antiquus) recuperato a Colle Curti e risalente a 700.000 anni fa. Quella palinologica illustra l’evoluzione del clima e della vegetazione negli ultimi 25.000 anni attraverso lo studio condotto sui sedimenti lacustri, che hanno evidenziato il progressivo inaridimento degli Altipiani di Colfiorito. Segue quella zoologica, dedicata agli insetti del luogo, in particolare libellule e farfalle. Un altro settore, con postazioni multimediali, approfondisce la conoscenza dei volatili presenti nel Parco, in particolare delle specie rare e minacciate, come il tarabuso, che frequentano soprattutto la palude, riconosciuta sito d’interesse internazionale per le sue condizioni di umidità. Il percorso museale è oggi arricchito dalla sezione “Antartide”, creata a seguito di un programma nazionale di ricerca con lo scopo di costituire un osservatorio a carattere interregionale su quel continente.