San Maurizio al Monastero Maggiore è una chiesa di origine paleocristiana, ricostruita nel Cinquecento e già sede del più importante Monastero Benedettino femminile di Milano. Collocata all'angolo tra Via Luini e Corso Magenta, è decorata internamente con un vasto ciclo affreschi di scuola leonardesca e viene indicata come la "Cappella Sistina" di Milano o della Lombardia. La chiesa, che comprendeva anche una Cripta, oggi inserita nel percorso di visita del Museo Archeologico, fu concepita divisa in due parti: un'aula anteriore dedicata ai fedeli e un'aula posteriore riservata esclusivamente alle monache. L'imponente decorazione ad affresco, che rende celebre il tempio, lodato da Ruskin e da Stendhal, fu iniziata nel secondo decennio del Cinquecento, da autori della scuola di Leonardo da Vinci impegnato in quegli anni a Milano (forse Giovanni Antonio Boltraffio). Gli affreschi delle cappelle laterali, quasi tutte in patronato a personaggi legati alla famiglia Bentivoglio, furono realizzati nel corso del Cinquecento. La maggior parte, insieme all'organo, si devono ad un intervento del 1555, probabilmente in adeguamento ai dettati del Concilio di Trento.