Il Monastero di Santa Chiara, tra i più grandi della città, si sviluppa alle spalle della Basilica e ospita al suo interno il Museo dell'Opera, una vasta area archeologica di epoca romana ed è inoltre caratterizzato da quattro Chiostri Monumentali, una Biblioteca, diverse Sale Conventuali e la Chiesa delle Clarisse. Il primo e più importante chiostro, nonché vero e proprio elemento distintivo della Basilica, accessibile dal cortile che si sviluppa sul fianco sinistro, è il Chiostro Maiolicato delle Clarisse, progettato da Domenico Antonio Vaccaro e decorato con maioliche settecentesche di Giuseppe e Donato Massa e da affreschi seicenteschi su Santi, Allegorie e Scene dell'Antico Testamento. Il Chiostro scampò ai bombardamenti bellici e risulta essere quindi una delle poche testimonianze barocche della Basilica. La Biblioteca si sviluppa sul lato nord e conta circa 50.000 volumi, con un'importante sezione relativa alla storia e cultura francescana e circa 40 codici del Cinquecento e Seicento. Sul lato est si aprono una sala ospitante un presepe del Settecento e la Sala di Maria Cristina, con resti di affreschi giotteschi sulla Crocifissione. L'ambiente è così chiamato in onore della regina Maria Cristina di Savoia, che nella stessa Basilica si fece seppellire. Dal lato sud del Chiostro Maiolicato si giunge invece alla Sala Capitolare e, infine, alla Chiesa delle Clarisse, che custodisce un affresco di grandi dimensioni di Lello da Orvieto (1340) e altri due chiostri minori.