Il Museo Baroffio nasce, in origine, per ospitare la collezione che il barone Giuseppe Baroffio Dall'Aglio donò al Santuario di S. Maria del Monte; solo in un secondo momento vede confluire anche il patrimonio del Museo del Santuario (inaugurato nel 1900 per raccogliere le preziose donazioni alla Madonna). Il Museo unico è progettato da Pogliaghi e inaugurato nel 1936. Da allora, si è arricchito grazie a numerose donazioni. Tra le opere più importanti: la "Madonna col Bambino" del XII secolo, logo del Museo, di Domenico e Lanfranco da Ligurno; il prezioso antifonario ambrosiano miniato da Cristoforo de' Predis nel 1476; i paliotti ricamati; i dipinti di Procaccini, Chignoli, Schedoni e dei maestri fiamminghi e olandesi. Il Museo è stato riaperto nel 2001 dopo una chiusura decennale per restauri. Anche le opere custodite al suo interno sono state restaurate e riallestite secondo gli attuali criteri espositivi. Tra le nuove sale si segnala la "Sezione d'Arte Sacra Contemporanea" (Guttuso, Matisse, Minguzzi, Sironi ecc.).