Il Museo Preistorico Etnografico di Roma fu inaugurato il 14 marzo 1876 da Luigi Pigorini (1842-1925) nel centro della città, in un'ala del Palazzo del Collegio Romano edificato alla fine del Cinquecento dalla Compagnia di Gesù. Sin dal XVII secolo il Collegio dei Gesuiti aveva ospitato la raccolta di antichità e di curiosità varie messa insieme da Padre Athanasius Kircher.
La Soprintendenza al Museo Nazionale Preistorico Etnografico "Luigi Pigorini" di Roma è, dalla sua fondazione, il centro di eccellenza nella ricerca e nella promozione del patrimonio paletnologico ed etnoantropologico conservato nel nostro Paese. La sua origine, come istituzione scientifica e di tutela, risale al 1875, anno in cui fu fondato nel palazzo del Collegio Romano il "Regio Museo Nazionale Preistorico Etnografico di Roma".
Secondo le intenzioni del fondatore, Luigi Pigorini, la nuova istituzione nasceva non solo per raccogliere in un museo "centrale", nella nuova capitale del Regno, la documentazione sia delle culture preistoriche italiane, europee ed extraeuropee sia delle culture delle popolazioni cd. "primitive" contemporanee, ma soprattutto per dare un'impostazione scientifica unitaria agli studi e alle ricerche paletnologiche in Italia.
Fin dalla sua fondazione, il "Regio Museo Nazionale Preistorico Etnografico di Roma" venne perciò svolgendo una fondamentale funzione di promozione e di coordinamento degli scavi dei siti preistorici italiani a cui si affiancarono sia un'intensa e innovativa attività di alta formazione con lo svolgimento, presso il Museo, dei corsi della prima cattedra universitaria di Paletnologia istituita in Italia, sia una costante e straordinaria attività di divulgazione scientifica con la creazione, nello stesso anno di fondazione del Museo, di una delle prime riviste europee dedicate alle discipline preistoriche, il Bullettino di Paletnologia Italiana.
Nel 1940, il Museo divenne sede di Soprintendenza (la Soprintendenza alle Antichità di Roma V).
In occasione del VI Congresso Internazionale di Scienze Preistoriche e Protostoriche, che si tenne a Roma nel 1962, venne inaugurato nel Palazzo delle Scienze, all'EUR, il "Museo della Preistoria e Protostoria Laziale", istituito come sezione permanente del Museo Nazionale Preistorico Etnografico "L. Pigorini", ancora nella storica sede del Collegio Romano.
Nel 1968, per decreto del Ministro Gui (D.M. 4 marzo 1968, art. 1, comma 5), la Soprintendenza di Roma V fu denominata Soprintendenza alla Preistoria e all'Etnografia.
Tra il 1975 e il 1977 tutto il Museo Nazionale Preistorico Etnografico fu trasferito nel Palazzo delle Scienze all'EUR, per lasciare i locali del Collegio Romano al nuovo Ministero per i Beni Culturali e Ambientali. Con l'organizzazione del nuovo Ministero, il Museo restò a far parte dell'Istituto Speciale ridenominato Soprintendenza Speciale al Museo Nazionale Preistorico Etnografico "L. Pigorini".
Nel quadro della Legge istitutiva del Ministero per i Beni Culturali e Ambientali, alla Soprintendenza Speciale fu confermato lo status di organo tecnico per la conservazione, la tutela, la valorizzazione museale e monumentale e la ricerca sia nel campo della Preistoria e della Protostoria sia nel campo dell'Etnografia.
Nel nuovo ordinamento del Ministero la Soprintendenza non è più "Speciale", ma sono rimasti inalterati i suoi compiti istituzionali.