L'Abbazia venne edificata intorno al 996 sulla precedente cattedrale. Nei secoli seguenti, accrebbe il proprio potere, e il monastero visse un periodo di espansione sotto Papa Eugenio IV, che lo unì alla Congregazione di Santa Giustina di Padova. L'abbazia fu temporaneamente soppressa dai francesi nel 1799. La facciata monumentale, a tre arcate, fu disegnata intorno al 1614 dall'architetto Valentino Martelli, autore anche del chiostro. Il campanile poligonale, alla destra del portale, fu ricostruito nel 1463-68 a linee gotiche fiorentine, basato su un disegno di Bernardo Rossellino. L'interno ha una struttura basilicale e ospita la più grande collezione d'arte di Perugia, dopo la Galleria Nazionale dell'Umbria. La navata è articolata in una serie di arcate su colonne in marmo antico grigio; la parte alta è decorata da tele dipinte con scene del Vecchio e Nuovo Testamento, realizzate a Venezia da Antonio Vassillachi.-La navata centrale ha un soffitto a cassettoni in legno, riccamente decorato da Benedetto di Giovanni da Montepulciano (1556). La principale caratteristica del presbiterio è l'intarsio del coro ligneo, considerato uno dei più belli d'Italia. L'Abbazia ha due altri chiostri: quello Maggiore, una costruzione rinascimentale attribuita a Guido da Settignano, e quello "delle Stelle", del 1571, opera di Galeazzo Alessi. Davanti all'Abbazia si trovano i Giardini del Frontone.