Costituiscono la più diretta e tangibile testimonianza delle vicende storiche dell'Accademia di Belle Arti, erede dell'istituzione nazionale napoleonica che, fondata nel 1804, ha preceduto la Pinacoteca Nazionale (1882), allestita nello stesso edificio. Nell'aula magna, adattata nell'ex chiesa di S. Ignazio ed utilizzata come biblioteca, si conservano due dipinti di Giacomo Pavia e Felice Torelli, mentre l'Allegoria della Fama di Marcantonio Franceschini e i due busti di Clemente XI e del cardinale Aldrovandi, eseguiti rispettivamente da Agostino Cornacchini (attr.) e Bernardino Ludovisi (1728), sono esposti nella Sala Clementina, adeguata all'organizzazione di mostre di oggetti di piccolo formato. Nell'attigua saletta di Curlandia, sede dell'Accademia Clementina, nata nel 1710 sotto la protezione di Clemente XI, si trova il Monumento al duca Pietro di Curlandia, eseguito da Giacomo De Maria su progetto di Angelo Venturoli. Nel corridoio degli uffici sono collocati i rilievi in terracotta dei premi settecenteschi Marsigli-Aldrovandi.