Fondato nel 1908 da Fabio Frassetto in collegamento con il nuovo insegnamento universitario e trasferito nel 1933 nell'attuale sede, documenta in prevalenza l'evoluzione della specie umana a partire dai Primati, in un viaggio a ritroso nel tempo dalla comparsa delle Australopitecine sino alle moderne forme di Homo Sapiens Sapiens. Si articola in tre sezioni: Paleoantropologia e Preistoria, Strumenti e metodi dell'Antropometria, Popolazioni umane attuali e adattamento.Il percorso espositivo si apre con una serie di teste umane in gesso e di calchi facciali, spesso policromi, delle diverse razze umane. Fra questi spicca la collezione costituita, tra il 1927 e il '32, dall'antropologo fiorentino Lido Cipriani per conto della Reale Società Geografica come sostegno didattico all'insegnamento di Biologia delle Razze. Di notevole interesse l'insieme dei calchi cranici esibiti per documentare le deformazioni etniche in uso presso alcune popolazioni a scopo estetico, rituale o sociale. La sezione è corredata da microdiorami sugli aspetti dell'adattamento della specie umana ai condizionamenti ambientali. Nel complesso degli strumenti impiegati dall'Istituto di Antropologia nel corso del Novecento per gli studi nel campo dell'osteometria, della fisiologia, della morfologia umana, figurano svariati utensili per la misurazione della vista, della sensibilità cutanea, delle dimensioni dello scheletro, l'antropometro di Frassetto, tavolette e scale cromatiche per la valutazione dei colori dell'occhio, della pelle, dei capelli. Il cuore del percorso espositivo è costituito da un itinerario che ripercorre le tappe dell'ominazione, ponendole in relazione con lo sviluppo fisico dell'uomo, le caratteristiche paleoambientali, le testimonianze della cultura materiale. La rassegna si conclude con una serie di reperti osteologici del periodo compreso tra il Neolitico e l'età romana. Di interesse locale la documentazione relativa ai siti della Grotta di Gaibola, della Grotta e del Sottoroccia del Farneto e ad alcune sepolture villanoviane o di fase felsinea rinvenute nell'area metropolitana bolognese.